La Cour dénonce notamment la faiblesse de la redevance sur la pollution azotée, qui n’est pas « réellement dissuasive » face aux pollutions d’origine agricole. Elle note que les agences de l’eau subventionnent les actions curatives pour des montants 1,8 fois supérieurs à celles préventives.

La Cour critique aussi les « dysfonctionnements systémiques » de la gestion de l'eau : dilution des responsabilités, attentisme des agences, caractère insuffisamment répressif de la police de l'eau, faiblesse des comités de bassins qui sont dominés par des « groupes professionnels, mieux à même de faire prévaloir leurs préoccupations dans la durée que les élus et les associations », cite le journal.

Ce dernier cite aussi la réponse du ministre de l’Ecologie Jean-Louis Borloo à la version préliminaire du rapport : le ministre souligne notamment « l’immense mouvement de transformation engagé depuis trois ans », entre autres pour lutter contre les pollutions d’origine agricole. Il ajoute que depuis 2009, les investissements des agences de l'eau sont « nettement plus sélectifs ».