Ce décret a pour but de mettre en application la loi 2008-595 du 25 juin 2008 relative aux organismes génétiquement modifiés. En vertu de cette loi,  le gouvernement doit déterminer par voie réglementaire après avis du Haut Conseil des biotechnologies (HCB) le seuil définissant ces filières. Le 3 novembre 2009 le HCB a rendu une recommandation relative à la définition de ces filières dans laquelle il se prononce en faveur d'un étiquetage permettant de les identifier auprès du consommateur. Sur cette base, le gouvernement a élaboré ce projet de décret définissant notamment des mentions spécifiques aux produits issus de ces filières.

L’avis du Haut Conseil des biotechnologies est constitué d’un avis de son Comité scientifique (CS) et d’une recommandation de son Comité économique, éthique et social (CEES).Le projet de décret reprend la plupart des éléments proposés dans cette recommandation.  Il fixe le seuil à 0,1 % pour les denrées alimentaires non transformées. Le projet de texte définit également, pour les denrées alimentaires d'origine animale, la mention « nourri sans OGM (<0,1 %) », « issu d'animaux nourris sans OGM (<0,1 %) », et « nourri sans OGM (<0,9 %) ». S'agissant des aliments issus de l'apiculture est créée la mention « sans OGM dans un rayon de [x] km ».

Le CEES note cependant certaines différences notamment en ce qui concerne la  possibilité d’étiqueter les denrées aussi bien brutes que transformées, mono-ingrédients que composées et le temps requis de nourriture « sans OGM » pour les animaux. Le HCB relève « la possibilité conditionnelle d'apposer un étiquetage de type sans OGM sur les denrées contenant des auxiliaires technologiques et autres substances obtenues à l'aide d'OGM (de manière à ne pas réduire le champ des produits dits « sans OGM' à un trop étroit segment de marché) », ainsi que « la limitation des mentions de type 'sans OGM' aux denrées pour lesquelles il existe des variantes transgéniques d'ores et déjà commercialisés en Europe (de façon à éviter une surenchère de l'étiquetage et à réserver ces mentions aux denrées pour lesquels les producteurs ont déployé un effort de valorisation) ».

Par ailleurs, selon le comité scientifique, établir un seuil à 0,1 amènerait à qualifier « sans OGM » un produit en se basant sur des données qualitatives, ce qui est problématique. En outre bien qu’il soit « techniquement possible, dans les limites de quantification des méthodes utilisées et aux incertitudes de mesure (…), d’utiliser les techniques de biologie moléculaire pour définir l’étiquetage ‘sans OGM’ » pour ce qui concerne le pollen en tant que produit de la ruche, l’information serait incomplète et pourrait prêter à confusion. S’agissant du miel, le CS estime « qu’en l’absence de critères objectifs pour y détecter/quantifier la présence de dérivés de plantes génétiquement modifiées, il n’est, pour le moment, pas possible de lui appliquer de manière appropriée les techniques de biologie moléculaire utilisées dans les autres filières agricoles ».

Le texte devra ensuite être soumis au Conseil d'État et notifié à la Commission européenne avant sa publication courant 2011